Jedem "Bachelor"- und "Medizin"-Stipendiaten wird gleich nach Aufnahme ins Kolleg und zu Beginn der Qualifizierungsphase ein Mentor aus dem Kreis der Projektleiter zugeordnet; dieser muss nicht unbedingt der direkte Betreuer der zukünftigen Promotionsarbeit sein. Der Mentor berät den Promovenden bei der Auswahl seiner Kurse und unterstützt ihn zusammen mit dem wissenschaftlichen Koordinator bei der Auswahl und Organisation des Auslandspraktikums.
Nach erfolgreicher Verteidigung des Dissertationsthemas wird die wissenschaftliche Betreuung der naturwissenschaftlichen und medizinische Stipendiaten und Kollegiaten durch eine Betreuungskommission garantiert. Die Kommission wird auf Vorschlag des Kollegiaten vom Sprecher des Kollegs ernannt und besteht aus dem betreuenden Projektleiter und zwei weiteren Dozenten des Graduiertenkollegs, die beide nicht aus der Einrichtung des Betreuers kommen sollten. Die Kommission trifft sich mit dem Kollegiaten mindestens alle 6 (für medizinische Doktoranden) bzw. alle 12 Monate (für naturwissenschaftliche Doktoranden), um mit ihm das Projekt zu diskutieren und Anregungen zu geben. Die Kommission erhält vor jeder Sitzung einen schriftlichen Bericht über den aktuellen Stand des Promotionsprojektes. Der Vorsitzende der Betreuungskommission (sollte nicht der direkte Betreuer sein) leitet nach jeder Sitzung die Projektskizze zusammen mit einem Sitzungsprotokoll und den Empfehlungen der Betreuungskommission über den Sprecher des Kollegs an die Kollegkommission weiter. Aufgrund der bisherigen Erfahrungen glauben wir, dass diese Betreuungskomponente v.a. durch die Einbindung zweier unabhängiger Projektleiter einen reibungsloseren und gestraffteren Ablauf des Promotionsvorhabens des Kollegiaten garantiert und mögliche Fehlentwicklungen rechtzeitig auf-gezeigt und dieses gegebenenfalls korrigiert.